一、课题背景
随着微生物对抗生素的耐药性日益严重，寻找新一代抗菌药物变的越来越重要。抗菌肽（Antimicrobial Peptides, AMPs）因具有独特的抗菌机制、广谱且不易产生耐药性等特点，为人们寻找理想的抗菌药物提供了新的方向，也为人类战胜耐药微生物带来了新的契机。
从19世纪80年代发现第一个抗菌肽Cecropin到现在，从各种生物体中提取出来的天然抗菌肽已有几千个。但抗菌肽数据大都散布在文献中或保存在大型数据库中，为抗菌肽研究的开展带来了不便。因此，很多学者和研究机构开展了对抗菌肽数据库的开发，包括一般抗菌肽数据库和专一型抗菌肽数据库。一般抗菌肽数据库收集了所有来源的抗菌肽数据，目前应用的有APD，CAMP，LAMP和DRAMP。专一性抗菌肽数据库只针对某一来源或某一功能的抗菌肽，比如：PhyAMP数据库只包括植物来源的抗菌肽，BACTIBASE数据库只包含细菌来源的抗菌肽，PenBase的抗菌肽只来源于虾类，the Defensin knowledgebase和Peptail bol Database分别关于防御素和晶体素。这些数据库为抗菌肽药物的开发起到了重要的作用，也为开发基于生物信息学的算法和工具提供了数据支持。
虽然这些抗菌肽收集了大量的抗菌肽数据，包括序列信息，物化信息，结构信息和活性信息，但都缺少详细的活性与毒性信息。抗菌肽的体内体外研究获得了很多活性与毒性数据，如对不同病原体的MIC值，对不同来源红细胞的MHC值，以及体内半衰期和药代动数据。这些实验数据往往对抗菌肽成药的研究更具价值。因此，我们拟建立抗菌肽的活性数据库，从尽可能完备的文献中，详细收录每个抗菌肽由不同实验室对多种病原体的活性数据和溶血性数据，并在后期的开发中实现在线的访问与应用。
- 拟研究的问题
综上所述，全面了解抗菌肽体内体外抑菌活性和溶血毒性数据对研究和开发新药十分必要。因此建立一个拥有此类数据的详尽的数据库有着重要的应用价值。
本研究主要实现对抗菌肽的关系建模，设计数据库表格和在MySQL上建立数据库。通过编写建库文档为之后的数据库管理人员提供便利。并拟通过Perl语言实现对数据库编辑以及脚本更新的有效控制，从而能够实时更新数据库，保持数据的时效性。
三、研究目标、采用的手段
- 研究目标：
建立抗菌肽数据库，数据库的内容包括抗菌肽体内体外抑菌活性和溶血毒性数据（从论文中收集）。可能还会收集作用机制相关的数据。对建库过程编写操作文档，利用perl语言对实现数据库的编辑及更新脚本。
- 研究手段：
在Linux平台上用MySQL语言实现数据库的构建，包括收集抗菌肽体内体外抑菌活性和溶血毒性数据（从论文中收集）；收集作用机制相关的数据；根据收集的数据，设计数据表格，实现关系数据库，保证数据可以在后期正常录入；把建库的过程写成操作文档。数据库建立之后用perl语言编辑更新数据库脚本，实现对数据库的高效控制。
1.数据库需求分析
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